Au début de la guerre au Japon, en 1942, maître Ueshiba part à Iwama près de Tokyo. Il y pratique l'agriculture, et y parfait son art dans son dojo l'Aiki Dojo. Il fait également ériger un sanctuaire pour l'aikido: L'Aiki Jinja, aujourd'hui classé monument historique.

En 1948, les Américains, qui ont interdit toutes pratiques martiales au Japon, autorisent la reprise de l'enseignement de l'aïkido pour son caractère de Paix et de recherche de vérité. L'Aïkikaï Foundation est officiellement ouvert le 9 février, dirigé par Kisshomaru Ueshiba, son troisième fils. Le dojo central de l'Aïkikai est le Hombu Dojo, situé à Tokyo.

Le développement de l'Aïkido à travers le monde commence alors. Koichi Tohei, 9e dan et pratiquant de la première heure, est envoyé aux États-Unis pour enseigner l'Aïkido. De nombreux maîtres le suivront dans différents pays. Maître Ueshiba acquiert le titre de O'Sensei (« grand maître », maître dans le sens « professeur ») et continue à perfectionner l'aïkido à Iwama.

En 1969, maître Ueshiba tombe malade. Il meurt le 26 avril 1969. Deux mois plus tard, Hatsu, sa femme, meurt à son tour. Son fils Kishomaru Ueshiba prendra sa suite.

Moriteru Ueshiba, petit fils du fondateur, est l'actuel Doshu, ou Maître de la Voie. Il continue, avec l'aide des grands maîtres à travers le monde, à développer l'aïkido, et à diffuser l'esprit de maître Ueshiba dans son message de Paix.