Sa pensée ésotérique fut fortement influencée par les doctrines de la religion Omoto et reste tout juste compréhensible pour un Japonais d'aujourd'hui. Les adeptes non japonais d'aïkido souhaitant assimiler la philosophie du fondateur doivent faire face à un défi rendu encore plus grand par la formidable barrière de la langue. Car pour les occidentaux, les langue orientales n'ont rien de commun dans notre culture, l'art d'écrit le mot est aussi important que de le prononcer. La démarche serait donc sans espoir si les techniques d'aïkido à elles seules ne donnaient à chacun la possibilité d'approcher la quintessence de cet art sans considération de langue ou de culture.

En adaptant les techniques guerrières ancestrales japonaise, il a contribué, avec Jigoro Kano et Gichin Funakoshi, à la conservation de ce savoir menacé d'oubli par la modernisation de la société japonaise.

Une de ses grandes motivations était de promouvoir la paix en enseignant un art accessible à tous et basé sur la négation de la violence, l'union des efforts (un des sens de aiki) et non leur opposition. Il était également un fervent croyant, adepte d'une secte shinto.